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Ésta es una secuela de Atelier Ayesha: Alchemist of Dusk que transcurre en los límites occidentales de la Land of Dusk, donde, para evitar el Crepúsculo final y con él la llegada del fin del mundo, la población investiga cómo detener o retrasar este ocaso mediante la tecnología de la alquimia.
Por primera vez en Atelier, en lugar de controlar a una joven aprendiz de este noble arte de cocina mágica tenemos dos héroes: Logix "Logy" Fiscario, investigador trasladado a un departamento de desarrollo y Escha Malier, una estudiante de alquimia que desea ayudar y aprender los secretos de este conocimiento.